Trong khuôn viên chùa Mã Tộc có hàng vạn con dơi sinh sống, vì thế chùa còn có tên là chùa Dơi. Dơi trong chùa thuộc loại dơi quạ, có trọng lượng từ 1 - 1,5kg với sải cánh rộng đến 1,5m. Ban ngày, dơi treo mình ngủ trên các cành cây trong phạm vi vườn chùa. Tuy là loài động vật ăn hoa quả nhưng đàn dơi này không bao giờ ăn quả chín trong vườn chùa. Khoảng 6h chiều, đàn dơi bay đi kiếm ăn và quay về chùa vào đúng 5h sáng hôm sau.
Chùa được xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 16 theo kiến trúc Khmer và đã được trùng tu nhiều lần. Ban đầu, chính điện của chùa dựng bằng tre lá, sau đó được xây lại bằng gạch, mái lợp ngói, bốn đầu mái cong vút chạm trổ hình rắn Naga, trên đỉnh mái có một ngọn tháp nhọn. Bao quanh chính điện là các hàng cột đỡ, mỗi cột có một tượng tiên nữ Kemnar chắp hai tay trước ngực. Trong chính điện có pho tượng Phật Thích Ca bằng đá nguyên khối đặt trên một tòa sen cao khoảng 2m và một pho tượng miêu tả Đức Phật cưỡi trên rắn thần Muchalinda. Khắp trên các bức tường của chùa là những bức tranh miêu tả cuộc đời Đức Phật, từ lúc ra đời cho tới khi được khai minh rồi nhập Niết bàn. Ngoài chính điện, trong khuôn viên chùa còn có nhiều bảo tháp chứa di hài các sư trụ trì chùa và nhà hội Sa La với kiến trúc kiểu nhà rông, là nơi nghỉ ngơi, tu học của các sư sãi...
Chùa Dơi còn là nơi lưu giữ nguyên vẹn các bộ kinh ghi trên lá cây thốt nốt, những hiện vật quý hiếm mang nhiều giá trị đặc sắc về văn hóa tín ngưỡng của vùng đất Nam Bộ.
Phía sau chùa, có những ngôi mộ kỳ lạ, trên mỗi mộ có vẽ hình 1 con heo. Ngôi mộ đầu tiên được dựng lên cho con heo 5 móng (heo thường chỉ có 3 móng) chết vào năm 1996. Những con heo 5 móng được các nhà sư nuôi trong chùa như những vật nuôi trong nhà và khi chết, chúng sẽ được chôn tại đây. Hiện chùa vẫn còn nuôi 4-5 con heo 5 móng.
Năm 1999, chùa Dơi đã được Bộ Văn hóa – Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia.