Ngôi chùa nguyên được xây dựng từ thời Lý đã được vương triều Trần mở rộng vào năm 1262. Trong chùa có nhà Thuỷ Tạ, có hồ sen, có nhiều cây cổ thụ sum sê. Trước cửa chùa có đỉnh đồng nặng trên 7 tấn, có chuông lớn khắc chữ "Phổ Minh đỉnh tự". Chùa vốn có một vạc lớn ở trước cửa (vạc Phổ Minh), là một trong bốn báu vật "An Nam tứ đại khí", nay không còn nữa. Trong chùa có tượng Trần Nhân Tông nhập Niết Bàn, tượng Trúc Lâm tam tổ (Trần Nhân Tông, Pháp Loa, Huyền Quang) và gần 60 tượng Phật, Thánh khác được sơn son thếp vàng rất đẹp. Qua nhiều lần tu sửa đến nay quy mô của chùa đã bị thu hẹp nhiều so với trước. Tuy vậy kiến trúc đời Trần ở đây còn lại khá nhiều: 96 chân tảng đá chạm hoa sen, nhiều đôi sóc đá, hai đôi rồng chạm đá trước bái đường.

Ðặc biệt còn có cây tháp được xây dựng trước cửa bái đường vào năm 1305. Ðây là loại tháp hình hoa sen có 13 tầng cao 21m. Bệ và tầng một xây bằng các phiến đá xanh trang trí tinh vi, các tầng trên xây bằng gạch, trên cùng là bút tháp bằng đá. Tháp có hình chóp, đáy vuông, mỗi cạnh dài 5,2m. Các tầng tháp đều có mái cong ở 4 phía. Trọng lượng tháp nặng khoảng 700 tấn trên một tiết diện nhỏ 30m² tại vùng chiêm trũng nhưng vẫn đững vững suốt 7 thế kỷ qua.