Chùa được xây theo phong cách Á Đông cổ, theo hình chữ "Môn" gồm các hạng mục: tam quan, sân, chính điện, nhà đại đường, nhà thờ tổ. Chính điện xây 3 gian, 2 chái, hai bên là 2 lầu chuông hình tháp. Trong nhà đại đường còn lưu giữ nhiều cổ vật quý như bộ bình bát của sư tổ Minh Lượng, những bản kinh Phật khắc gỗ. Chùa Phước Lâm là một di tích tôn giáo góp phần làm phong phú loại hình kiến trúc Phật giáo và quá trình truyền bá ảnh hưởng của đạo Phật ở Hội An.