Bảo tàng có tổng diện tích khoảng 39.000m2 với hơn 3.000m2 sử dụng cho khu trưng bày, kho bảo quản hiện vật và các hoạt động khác.
Hiện nay, Bảo tàng lưu giữ hơn 20.000 đơn vị tài liệu hiện vật gốc quý hiếm thuộc di sản văn hoá của 54 dân tộc Việt Nam.
Hệ thống trưng bày gồm 6 phòng, mỗi phòng sử dụng gần 2.000 đồ vật gồm các đơn vị hiện vật gốc, ảnh và tài liệu khoa học bổ trợ.
- Phòng mở đầu: khái quát đặc trưng văn hoá các dân tộc Việt Nam.
- Phòng Việt - Mường gồm dân tộc: Việt, Mường, Thổ, Chứt.
- Phòng Tày - Thái gồm các dân tộc: Tày, Nùng, Thái, Lào, Lự, Sán Chay, Bố Y.
- Phòng Mông - Dao và nhóm Nam á khác gồm dân tộc: H'Mông, Dao, Pà Thẻn, La Chí, La Ha, Cờ Lao, Pu Péo.
- Phòng Môn - Khmer gồm các dân tộc: Khơ Mú, Mảng, Kháng, Xinh Mun, Ơ Đu, Khmer, Ba Na, Xơ Đăng, Cơ Ho, Hrê, M;Nông, Xtiêng, Bru-Vân Kiều, Cờ Tu, Giẻ Triêng, Mạ, Co, Tà Ôi, Chơ Ro, Brâu, Rơ Măm.
- Phòng Hán - Hoa, Tạng Miến, Mạ, Ô-Pô-li-nê-di gồm các dân tộc: Hoa, Ngái, Sán Dìu, Hà Nhì, La Hủ, Phù Lá, Lô Lô, Cống, Si La, Gia Rai, Ê Đê, Chăm, Ra Glai, Chu Ru.
Ngoài ra, bảo tàng còn có một khu trưng bày ngoài trời hấp dẫn.
Bảo tàng đã thu hút nhiều du khách trong nước, ngoài nước và kiều bào đến thăm quan, tìm hiểu bản sắc văn hoá các dân tộc Việt Nam.