Chùa Liên Phái hay chùa Liên Tông (hay còn gọi là chùa Liên Hoa) tọa lạc trên khu đất và ao sáu mẫu hai sào (khoảng 22.000 m2) ở phường Bạch Mai – huyện thọ xương – Kinh đô Thăng Long. là Tổ đình của Thiền phái Liên Tông.
Trước kia đất chùa vốn là tư dinh của công tử Trịnh Thập (Thế danh của thiền sư Như Trừng Lân Giác 1696 – 1733), hiệu là Thượng sĩ Cao Thiền – hay Cứu sinh (con của Phổ Quang Vương Trịnh Bính) sinh ngày mồng 5 tháng 5 năm Bính Tý - Niên hiệu Chính Hòa thứ 17 (1696) đời Vua Lê Hy Tông tại Thanh Hóa, khi sinh trên trán Ngài có ấn hình chữ nhật. Sinh thời, ông luôn hướng về Phật Pháp. Một lần sai gia nhân đào khu đồi phía sau tư dinh (nay là vườn tháp sau chùa) để làm hồ nuôi cá vàng, thấy có một bong sen vàng, ngài cho là điềm xuất gia, bèn cải gia vị tự (biến nhà thành chùa) và đặt tên là chùa Liên Hoa, rồi ăn chay quyết chí tham thiền học Phật. Năm 1726, sau khi thụ giáo với Hòa thượng Chân Nguyên Chính Giác ở chùa Long Động trên núi Yên Tử, thiền sư Như Trùng Lân Giác (tức Công tử Trịnh Thập) nối tiếp ngọn đèn Pháp của bản sư, phối hợp với phái Thiền Trúc Lâm Yên Tử và phái Thiền Lâm Tế ở Hà Bắc (Trung Quốc), lập ra phái Thiền Liên Tông. Phái này phát triển rộng khắp Bắc Hà (Đằng Ngoài). Sau khi Thiền sư Như Trừng Lân Giác viên tịch năm 37 tuổi, được các đệ tử hỏa táng, dựng tháp xá lị và làm tượng ngài để tôn thờ làm tổ thứ nhất của dòng Liên Tông (dòng hoa sen), từ đó chùa có tên là chùa Liên Tông.
Đến thời vua Thiệu Trị (1841 – 1847) vì kỵ húy Vua (tên Vua là Miên Tông) nên phái Thiền Liên Tông phải đổi thành phái Thiền Liên Phái và chùa Liên Tông cũng được đổi thành chùa Liên Phái từ đấy.
Chùa đã được tu sửa nhiều lần, đợt sửa chữa lớn nhất vào năm Ất Mão (1855) sửa nhà tổ, nhà tăng, hành lang, tả hữu, tô tượng Phật, phải mất 6 năm liền mới hoàn thành. Đến năm Kỉ Tị (1869) Thiền sư Thanh Minh – Hiệu Lạc Sơn đã chủ trì việc trùng tu “xây thêm gác chuông, phía trước có tháp Cửu Phẩm, có nhà bia, phía sau có đồi vườn tháp xây tường bốn bên – Trước sau cõi Phật trang nghiêm rực rỡ”.
Chùa Liên Phái và tháp Cửu Sinh đã trên 250 tuổi. Đây là ngôi tháp cổ nhất trong khu vực nội thành Hà Nội. Quy mô hiện nay của chùa không khác mấy so với lần sửa chữa giữa thế kỷ thứ 19.
Chùa đã được xếp hạng di tích kiến trúc nghệ thuật quốc gia vào ngày 28-4-1962.