Chùa Hưng Phúc có tên cổ là Hưng Phúc tự còn được gọi là chùa Tự Khoát – gọi theo tên làng, cách thủ đô Hà Nội khoảng 13km về phía nam trên trục quốc lộ 1A. Theo Thần phả ghi lại thì chùa được xây dựng vào thời Lý, do Ni sư Từ Thục và Từ Huy cùng hai nữ đệ tử xây dựng. Tương truyền rằng, vào thời vua Lý Thánh Tông, Hoàng hậu sinh đôi được hai công chúa, chị là Từ Thục, em là Từ Huy. Cả hai công chúa đều giác ngộ cảnh vô thường, chán cảnh lầu son gác tía, một lòng xin vua cha cho phép xuất gia tu hành.
Được sự bằng lòng của vua cha, Nhị vị công chúa xin Vua ban cho về đất Tổng Nam Phù vì thấy ở đây địa thế linh thiêng, phong cảnh hữu tình, dân chúng thì nhân hậu. Nhị vị công chúa dừng chân trên đỉnh núi Trúc (làng Tự Khoát) lập am tu hành. Thấy dân chúng vẫn còn đói nghèo, họ đã xuất hết tiền vàng nữ trang của mình để cấp vốn cho người nông dân khai khẩn ruộng đất, trồng lúa nước, trồng dâu nuôi tằm, làm các nghề thủ công, làm các loại bánh chưng, bánh nếp, bánh gai, bánh dày ở làng Thanh Khúc, nghề làm bún, đậu phụ ở làng Đông Phù (Đông Mỹ)… Khi nông nhàn, Nhị vị đã dạy cho dân làng nghề đan thúng nổi tiếng còn lưu truyền đến ngày nay.
Hai công chúa du hành quanh vùng thấy đất làng Nhót (Đông Phù) có “linh khí” nên dựng một am thất trên đất hình “Kim Quy” và lên Yên Tử (Quảng Ninh) mang cây thông về trồng bao quanh. Sau đó hai nàng ở lại am ăn chay niệm phật và truyền dạy nghề nông cho nhân dân làng Đông Phù, còn hai vị Ni sư đệ tử thì về trụ trì chùa Tự Khoát.
Trong thời gian này vua muốn bình yên Chiêm thành và vỗ về các quan lang Châu mục để kết tình giao hảo giữa nước ta với chư hầu nên đã đem các công chúa gả cho các Châu mục. Nhị vị công chúa cũng bị triệu về kinh để lấy chồng nhưng Nhị vị đã quyết chí tu hành lại được các tín đồ và nhân dân đến kinh xin rước về Trúc Lĩnh (chùa Tự Khoát). Xúc động trước tấm lòng của dân chúng, nhà vua liền truyền lệnh xây dựng lại am tu hành của hai vị công chúa thành một ngôi chùa và đặt tên là Hưng Phúc tự.
Trải qua mấy chục năm chuyên tâm thiền định hành Bồ Tát đạo cứu độ chúng sinh, hai công chúa đã cùng với hai cung nữ dựng am thất trong lòng đất bằng gỗ thông tại cánh đồng Liên Hoa thuộc làng Tề (nay thuộc làng Ninh Xá, Thường Tín, Hà Nội) và hóa tại đó vào ngày 15 tháng 3 năm Ất Hợi (1095). Sau này hai vị công chúa được suy tôn là Nhị vị Sư Tổ.
Để tưởng nhớ công đức Nhị vị Sư Tổ, nhân dân Tổng Nam Phù tạc tượng Sư Tổ mang hình dáng công chúa và hai vị Ni sư đệ tử mang hình dáng cung nữ thờ tại hai chùa Hưng Phúc (Tự Khoát) và Hưng Long (Đông Phù), còn làng Ninh Xá được đúc tượng Sư Tổ bằng đồng thờ tại chùa Phổ Quang. Hiện chùa còn có 17 đạo sắc phong, các triều đại về sau đều phong Nhị vị Sư Tổ là: “Đại thánh bao phong, Đại Bồ Tát Hồng Liên Tọa Hạ”.
Chùa Hưng Phúc tọa lạc trên đỉnh núi Trúc trông tựa như bông “Hoa sen”, có diện tích rộng hơn 7000m2. Xung quanh ngôi chùa được bao bọc bởi hàng rào tre trúc cao vút tạo nên khung cảnh mang đậm màu sắc của làng quê Việt Nam.
Nguyên liệu xây dựng chùa toàn bằng gỗ lim, trong chùa có những bức phù điêu chạm tứ linh (Long, Ly, Quy, Phượng) tinh xảo, sống động với những bức tranh tả cảnh sinh hoạt như: đua thuyền, đánh vật… rất có giá trị. Gạch xây chùa là gạch bát nung đóng dấu triện. Chính vì vậy trải qua nhiều năm tháng nhưng ngôi chùa vẫn giữ được nét cổ kính, ít rêu phong. Hiện chùa đang thờ 25 pho tượng rất cổ và đẹp.
Chùa dựng hướng nam gồm 7 gian đại bái, 3 gian thượng điện và 5 gian hậu cung. Cổng Tam Quan có kiến trúc độc đáo, cửa giữa là tòa tháp cao 6 tầng, đỉnh ngọn tháp là bình thủy tọa trên tòa sen, tháp cao 12,6m. Hai bên nhà tháp để treo Khánh Đồng và Trống. Trước Tam Quan chùa có một dải đất cao, được gọi là gò Đình Yến – nơi xưa kia vào những dịp lễ tết, nhà vua thường về vãn cảnh và thăm hai cô con gái. Về sau tại gò này, nhân dân xây dựng một ngôi miếu để thờ thần linh.
Hằng năm, vào ngày 14, 15, 16 tháng 3 âm lịch, nhân dân Tổng Nam Phù và làng Ninh Xá cùng nhân dân các vùng lân cận tổ chức lễ hội trang trọng để tưởng nhớ ân đức của Nhị vị Bồ Tát.
Chùa đã được Bộ Văn hóa xếp hạng di tích lịch sử - văn hóa năm 1988.