Hội chùa Trăm Gian được tổ chức hàng năm nhằm tưởng nhớ đức thánh Nguyễn Bình An. Đức thánh quê ở Bối Khê (Thanh Oai), trụ trì chùa Trăm Gian vào cuối thời Trần. Tương truyền, hòa thượng là người tinh thông kinh sách và có nhiều phép lạ. Người có thể bước ba bước về quê xin tương cà để nấu cơm nuôi thợ trong khi thi công xây dựng chùa. Nay những nơi Quán Thánh, Lương Xã, Ó Vực ở đồng chiêm còn dấu vết chân Thánh đi qua đều được xây bệ và trồng cây cọ, riêng Quán Thánh có thêm tảng đá nhô lên là một điểm gắn với hội chùa.
Năm 95 tuổi, hòa thượng cho đóng khám gỗ, đêm 12 rạng ngày 13 tháng Chạp vào khám ngồi và dặn đệ tử bách nhật thì mở ra xem, nếu thấy thơm thì rút mây làm tượng thờ, còn không thì đổ ra sông Cái. Mới mùng 4 tháng giêng, dân đã hé khám xem, thấy hào quang và hương thơm bèn kéo lên chùa làm lễ. Dân Bối Khê cũng lên rước thi hài người về quê nhưng không được, ngày 12 bèn xin duệ hiệu và rước bát nhang về thờ vọng. Từ đó, hai làng Bối Khê và Tiên Lữ là hai thành tố quan trọng của hội chùa, thay nhau đăng cai tổ chức hội.
Hội chùa Trăm Gian được mở ngay sau tết Nguyên Đán. Trong lễ hội có rước kiệu thánh, thi cỗ chay và trình rối cạn; ngoài ra còn các trò vui như đánh cờ người, đấu vật, múa rối nước, đốt pháo hoa…
Đại đám có rước kiệu Thánh, rước án, rước giá cỗ (cỗ bánh chưng bánh dày của nhà chùa), rước giá văn bản (để bản văn tế), rước mâm ngũ quả và bát nhang. Riêng kiệu Thánh là kiệu bát cống do 18 người khiêng, mỗi giá rước có bốn người khiêng. Người rước đều mặc áo Mã tiền gồm trong là thân áo, ngoài đính các dải phướn nhiều màu sắc.
Ngày mùng 4, vào giờ Thìn (7-9 giờ sáng) thì rước kiệu ra sập đá trước nhà Tiền đường để trí kiệu (tức chồng đòn), cắm tàn quạt xung quanh và bày dàn bát bửu. Sau đó rước xuống núi theo đường chữ chi, rồi đi thẳng ra Quán Thánh ở giữa đồng chiêm, là nơi có dấu tích bước chân thứ nhất của Thánh về quê xin tương cà. Đến hòn đá ở Quán Thánh thì tổ chức tế. Tế xong thì rước kiệu về chùa.
Buổi tối, khi Thánh hòan cung, đoàn Mai Lĩnh phải vào trước cửa điện Thánh làm lễ trình rối với ý nghĩa là sự trình diện của quân Minh xưa. Đoàn Mai Lĩnh có 4-5 người, gồm một người gánh những con rối đựng trong hai bồ to và mấy người đi trình rối. Khi trình rối, họ căng màn lên, người trình đứng sau màn lần lượt giơ con rối bà mẹ rồi thứ tự rối các con.
Trong hội rước ngày mùng 4, nhà chùa sửa soạn cỗ chay gồm 16 bánh chưng và 16 bánh dày. Trưa mùng 5 ăn cỗ chùa, ngày mùng 6 thi cỗ chay để tế tạ và kết thúc hội. Những gia đình được chọn thi cỗ chay phải chuẩn bị chu đáo từ nhiều tháng trước.
Trong những ngày hội chùa thường tổ chức nhiều cuộc vui, đặc sắc nhất là đánh cờ người được tổ chức trên sàn ở giữa hồ bán nguyệt. Tham gia đóng các quân cờ, tướng nam phải là các cụ ông chức sắc, tướng nữ phải là vợ các quan viên trở lên, gia đình song toàn. Các tướng này phải là người hai thôn Thượng và Nội từ 50 tuổi trở lên, có tướng mạo đẹp. Quân cờ là trai gái người làng chưa có vợ có chồng, dáng thanh tú.
Trò đấu vật trong hội chùa được tổ chức trên bãi cỏ quanh chùa, thường thu hút các hói vật Quảng Bị, Trúc Sơn, Đồng Lư…
Rối nước tổ chức dưới hồ, do người thuộc phường rối nước các nơi được đón về biểu diễn.
Lễ hội chùa Trăm Gian là lễ hội truyền thống của cư dân nông nghiệp lúa nước, nhằm giáo dục tinh thần yêu nước và đoàn kết, rèn luyện tinh thần thượng võ và thi tài khéo léo. Những truyền thống tốt đẹp ấy vẫn được gìn giữ và truyền lại cho những thế hệ mai sau.