Theo sự tích được ghi lại trong một tấm bia đá từ năm 1856 ở Tháp Bà, Am Chúa được coi là nơi phát tích của Bà lúc ấu thơ sống với cha mẹ nuôi, còn Tháp Bà Nha Trang là nơi thờ Bà khi đã hiển thánh. Bởi vậy, ngay từ đầu triều Nguyễn, Thiên Y Ana đã được sắc phong là Hồng Nhơn Phổ Tế Linh Ứng Thượng Ðẳng Thần và tại Am Chúa mỗi khi tế lễ thường được tổ chức theo nghi lễ quốc tế do quan đầu tỉnh làm chủ tế. Qua nhiều lần tu sửa, hiện nay ngôi miếu đã khang trang.

Hàng năm vào ngày mồng 1, mồng 2, và mồng 3 tháng 3 âm lịch tại Am Chúa tổ chức lễ hội rất long trọng, đông vui, thu hút khách thập phương xa gần, cả người Chăm và người Việt về dự. Có thể khẳng định, lễ hội Am Chúa là nơi còn bảo lưu được nhiều nhất những nghi thức lễ hội cổ truyền của người Việt ở Khánh Hòa.