La Pagode du Pilier unique (Chùa Môt Côt) datant de 1049 est le plus ancien des 3 emblèmes de Hanoi, les 2 autres étant le Pavillon de la Constellation Khuê des Lettres (1805) et la Tour de la Tortue (1886).

Le roi Ly Thai Tô (914-1028) fondateur de la dynastie des Ly, transféra en 1010 la capitale Hoa Lu de la région montagneuse à Thang Long (Hanoi) dans le delta. Selon la légende, fils d'une bonzesse enceinte chassée de la pagode, il est né avec 4 caractères vermillon sur les 2 mains : son (monts) hà (fleuves) xã tac (nation). Élevé par des bonzes de grand mérite, il devint un grand souverain. Sous son règne et ceux de ses successeurs, le Vietnam a connu l'Âge d'or du bouddhisme.

Parmi des centaines de pagodes construites, la Pagode du Pilier Unique a vu le jour dans une atmosphère de ferveur populaire. Elle s'appelle de son vrai nom Diên huu (Prolongation de la durée de la vie).

D'après les inscriptions sur une stèle de 1121 (à la pagode Long Dôi de la province de Hà Nam) sur la pièce d'eau de la Pagode du Pilier unique avait été érigée une colonne de pierre supportant une lettre à mille pétales reposant sur pagodon rouge. Cette architecture reflète un mélange du bouddhisme et du culte de la fécondité : le pavillon rouge représente la parfaite félicité, le lotus l'illumination, le pilier de pierre, le transfert de l'énergie vitale à la terre et aux eaux, cela pourrait évoquer aussi le lingam. Il ne reste rien de cette description.

D'autres légendes circulent an sujet de l'origine de la Pagode du Pilier unique.
L'une d'elles raconte que le roi Ly Thai Tông qui n'avait pas d'enfant mâle vit en songe la déesse bouddhique Quan Âm de la compassion (Avalokitésvara) assise sur une fleur de lotus et lui tendant un garçon. Peu de temps après, il prit comme femme une fille entrevue dans un jardin et eut un fils assurant le trône. Il fit alors construire la pagode rappelant le lotus.

Le Dai Viêt su ký toàn thu (Histoire complète du Vietnam) nous donne une variante de la légende : "Au dixième mois de l'année (1049), en plein hiver, a été construite la pagode Diên Huu. Avant la construction, le roi avait vu en songe la Bodhisattva Quan âm assise sur un lotus l'attirant vers elle. Au réveil, il a consulté la Cour au sujet de la signification de ce rêve. D'aucuns prétendirent que c'était un mauvais augure. Le bonze Thiên Tuê conseilla au roi de bâtir une pagode évoquant la fleur du rêve : un pagodon perché sur une colonne de pierre émergeant d'une mare. Pour exorciser, les bonzes feraient la ronde autour de l'édifice, priant pour la longévité du monarque". D'où le nom de la pagode, Diên Huu (Prolongation de la vie).

Trente-et-un ans après, en 1080, sous le règne de Ly Nhân Tông, on fondit une énorme cloche comme elle ne pouvait être suspendue dans un pavillon quadrangulaire en pierre de 20 mètres qui lui était destiné, on dut la laisser dans une rizière fréquentée par des tortues, ce qui lui a valu le nom de Quy Diên (cloche de la Rizière des Tortues). Cette cloche était probablement plus grande que celle classée parmi les "Quatre objets gigantesques de l'Annam" (An nam tu dai khí).

Sous les Ly, la Pagode s'est enrichie de nouvelles constructions : stupas, lacs, ponts en arc-en-ciel. Dans ce haut lieu de pèlerinage, la Cour organisait des cérémonies et des fêtes bouddhiques régulières.

En 1427, les envahisseurs Ming se sont emparés de la fameuse cloche des Tortues pour la fondre enfin d'en fabriquer des armes.

À partir du 15e siècle, le bouddhisme ayant perdu du terrain face au confucianisme triomphant, la Pagode du Pilier Unique a été de plus en plus délaissée. Surtout après que la dynastie des Nguyên a transféré la capitale à Huê en 1802.

En 1838, le gouverneur de Hanoi et ministre de la Guerre, Dang Van Hoa y fit des réparations avec son propre argent et le produit d'une collecte.

Le 11 septembre 1934, avant leur retrait de Hanoi, les troupes françaises ont fait sauter la pagode. Il n'en reste que la colonne de pierre et quelques solives.

L'œuvre a été restaurée en 1955 après la libération de la capitale.

En 1958, on a planté devant la Pagode un bodhi, arbre de Bouddha, offert par le Président de l'Inde au Président Hô Chi Minh.

En 1988, à Varsovie, une copie de la Pagode du Pilier unique a fait son apparition à l'occasion du 15e anniversaire du Musée Asie-Pacifique.