Khu kinh tế Phú Quốc là khu kinh tế ven biển, có ranh giới gồm toàn bộ huyện đảo Phú Quốc với các đô thị: thị trấn Dương Đông, thị trấn An Thới và 8 xã: Cửa Cạn, Gành Dầu, Bãi Thơm, Hàm Ninh, Cửa Dương, Dương Tơ, Thổ Châu và xã Hòn Thơm (gồm toàn bộ cụm đảo phía Nam An Thới).

Theo Quyết định thành lập, Khu kinh tế Phú Quốc được tổ chức thành khu phi thuế quan và khu thuế quan.

Khu phi thuế quan là khu vực được xác định gắn với cảng An Thới và sân bay Phú Quốc. Khu thuế quan là khu vực còn lại gồm các khu chức năng: Khu du lịch, dịch vụ, khu cảng và dịch vụ hậu cần cảng, khu công nghiệp, khu đô thị, khu dân cư, khu hành chính và các khu chức năng khác.

Quy mô, vị trí từng khu vực được xác định tại Quyết định số 1197/QĐ-TTg ngày 09/11/2005 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch chung xây dựng đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang đến năm 2020 và Quyết định số 633/QĐ-TTg ngày 11/5/2010 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch chung đảo Phú Quốc đến năm 2030.

Tổ chức, hoạt động và các cơ chế, chính sách đối với Khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang được thực hiện theo Luật Đầu tư, Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế và các văn bản pháp luật khác có liên quan.

Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 10/7/2013. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng thúc đẩy sự phát triển kinh tế - xã hội của khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang.