Chùa được hòa thượng Trần Minh Lý xây dựng lần đầu vào năm 1875 bằng vật liệu tre lá đơn sơ, đến nay trải qua 4 lần tu sửa lớn, lần sửa chữa gần nhất là vào năm 1970 nhưng vẫn tọa lạc trên nền cũ thuộc xã Long Sơn anh hùng (Phú Tân - An Giang).

Nhìn từ bên ngoài, chùa mang dáng dấp kiến trúc Ấn Độ với mái tháp có hai tầng hình phễu, trang trí nhiều họa tiết hoa văn trang nhã nhưng về đại thể, chùa Giồng Thành là khối kiến trúc hài hòa theo phong cách Á - Âu với lối xây dựng theo hình chữ “song hỷ”, gồm 3 gian, mái lợp bằng ngói móc, trên cột chánh điện có vẽ hình rồng. Về tên gọi chùa Giồng Thành, theo một số tài liệu cho biết là xuất phát từ chỗ chùa được xây trên nền đất của hào thành triều Nguyễn.

Chùa Giồng Thành được nhiều người biết đến như địa chỉ đỏ của phong trào yêu nước, chống giặc ngoại xâm. Tại đây vào những năm đầu thập niên 20 của thế kỷ 20, tổ chức Kèo Vàng, Kèo Xanh của Phan Xích Long đã nhóm họp để thu hút người yêu nước chống thực dân Pháp, mở đầu cho hàng loạt hoạt động yêu nước sau này mà đỉnh cao là việc nuôi dưỡng cụ Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc - thân sinh Chủ tịch Hồ Chí Minh - trong những ngày đi truyền bá chủ nghĩa yêu nước chân chính cho đồng bào (1928 - 1929). Trong những năm tháng chống Mỹ hào hùng, chùa Giồng Thành tiếp tục là cơ sở của Tỉnh ủy Châu Đốc, Huyện ủy Tân Châu và là điểm giao liên của Khu 8, Trung ương cục miền Nam. Đặc biệt nơi đây từng là chỗ trú ngụ an toàn cho nhiều đồng chí lãnh đạo cấp cao của Đảng, Nhà nước trong những năm tháng kháng chiến đánh cho Mỹ cút, đánh cho ngụỵ nhào như: Nguyễn Văn Linh, Võ Văn Kiệt....