Trước đây, Chùa Nam Nhã là tiệm thuốc bắc Nam Nhã Đường và là nơi liên lạc, hội họp của các phong trào đấu tranh chống Pháp. Chùa Nam Nhã là nơi hoạt động của những sĩ phu yêu nước trong tổ chức Việt Nam Quang Phục hội. Năm 1917, chùa được trùng tu. Sân chùa rộng rãi trồng nhiều cây, giữa sân là hòn non bộ cao hơn 2m.

Trong chính điện có bàn thờ sư cụ Giác Nguyên, Lịch Đại Tổ sư, ban thờ Tam giáo với ba pho tượng bằng đồng là tượng Đức Phật Thích Ca, Đức Khổng Tử và tượng Lão Tử. Hai bên chính điện là hai ngôi nhà 5 gian dành cho phái nam và phái nữ ở. Phía sau là khu vườn mộ, nơi yên nghỉ của những người tham gia phong trào Đông Du và xây dựng chùa.

Ngày nay, du khách đến đây không chỉ thưởng thức vẻ đẹp cổ kính, trang nghiêm của chùa, mà đến đây họ còn tìm hiểu những hoạt động sôi nổi của các sĩ phu yêu nước phong trào Đông Du, Đặc ủy Hậu Giang, Xứ ủy Nam Kỳ trong những năm đầu khó khăn gian khổ của cách mạng Việt Nam.