Chùa Hiến có bố cục kiến trúc kiểu “nội công ngoại quốc”, gồm tiền đường, thiêu hương, thượng điện và ba mặt là hành lang. Giữa thượng điện là tượng Quan Âm Nam Hải ở thế ngồi, có tám đôi tay, bố trí đăng đối. Đầu tượng đội mũ chạm hoa cúc, sen, phù dung. Phía trước là tượng tứ vị bồ tát ngồi trên tòa sen, khuôn mặt đầy đặn, trang nghiêm. Các pho tượng này đều có niên đại thế kỷ 19. Việc thượng điện đặt ban thờ nổi bật tượng Quan âm cùng tứ vị bồ tát thể hiện tâm lý sùng bái vị thần có nhiều phép cứu giúp chúng sinh trên sông, biển. Đây là đặc điểm khác biệt trong bố cục thờ tự của chùa Hiến so với các chùa khác.

Phía trước sân chùa Hiến có hai tấm bia đá lưu giữ nhiều tư liệu lịch sử nói lên quá trình tụ cư của thương cảng Phố Hiến. Tấm bia “Thiên ứng tự - Tân tự trùng tu thạch bi ký” niên đại Vĩnh Tộ thứ 7 (1625) và tấm bia “Thiên ứng tự - bia ký công đức trùng hưng” dựng năm Vĩnh Thịnh thứ 5 (1709).

Chùa Hiến còn nổi tiếng có cây nhãn Tổ, chính xác ra tên gọi là cây nhãn tiến, nằm phía trước cửa chùa. Đây là cây nhãn đường phèn có dáng hình đẹp, mã lụa, quả to, cùi dày, hương vị thơm ngon đặc sắc nhất. Mỗi mùa nhãn chín, nhãn thường được chọn hái để dâng đức phật, cúng thần thành hoàng và để quan lại địa phương tiến vua. Thân cây chính đã già cỗi, bọ ruỗng, bị đổ chỉ còn một nhánh được đắp vun gốc, chăm sóc phát triển thành cây “hậu duệ”, hiện diện như một biểu tượng của giống nhãn đặc sản Phố Hiến - Hưng Yên.