Vườn quốc gia Núi Chúa có tài nguyên rừng phong phú, đa dạng, diện tích rừng nguyên sinh khoảng 29.865 ha.

Với khí hậu khô hạn, mưa ít, cát bỏng thế nhưng nằm trong quần thể Vườn Quốc gia Núi Chúa, "Hồ treo" trên vách núi đá, mặt hồ có đường kính 70 - 80m, quanh năm có nước trong xanh và nhiều động, thực vật sinh sống. Ven hồ có nhiều vỉa đá nổi nhấp nhô như một "hòn non bộ" do thiên nhiên tạo thành. Len lỏi trên những sườn núi cao, nhiều dòng suối chảy xiết, tung bọt trắng xóa, Suối Lồ Ồ là thắng cảnh nằm giữa vách núi đá với làn nước trong xanh, mát lạnh.

Càng lên cao theo dốc núi, cây cối càng trở nên xanh tươi hơn, chủ yếu là cây bụi gai mọc liên kết thành từng mảng. Điều bất ngờ là ở khu vực này còn có một góc rừng mọc toàn là mai. Nấp mình bên khe đá, hút dinh dưỡng của đất khô cằn nhưng tết đến là mai nở vàng rực cả một góc núi, làm ngẩn ngơ những người đi rừng.

Ở độ cao 1.000m, quần thể núi Chúa Anh và ba núi Chúa Em nhờ được hứng toàn bộ nước mưa nên nơi đây rất phong phú các loài động thực vật rừng. Núi Chúa Anh có độ cao 1.039m so với mặt biển, nơi có 1.265 loài thực vật bậc cao, đặc hữu quý hiếm; 306 loài động vật hoang dã, trong đó có nhiều loài được ghi vào sách đỏ: như chà vá chân đen, gấu ngựa, gấu chó, beo lửa...