Hội Phật học Nam Việt tổ chức xây cất chùa để thờ Xá lợi Phật. Các chư tăng, ni và phật tử quen gọi là chùa Xá Lợi. Khi khánh thành, hoà thượng Khánh Anh đã đặt tên chùa Xá Lợi như tên gọi quen thuộc của mọi người.

Điện thờ ở lầu 1 được bài trí đơn giản, tôn nghiêm, tôn trí tượng Đức Phật Thích ca Mầu ni. Pho tượng là một tác phẩm mỹ thuật đặc sắc bằng đá cao 6,5m, do điêu khắc gia Lê Văn Mậu tạc vào các năm 1954-1955. Ở đây có đặt thờ ngọc Xá lợi Phật do ngài Narada ở Tich Lan dâng cúng cho Phật giáo Việt Nam.

Bên trái cổng tam quan có tháp chuông cao 7 tầng, được xây dựng từ năm 1960 đến cuối năm 1961. Chuông lớn được đem lên tháp ngày 17-10-1961. Chùa Xá Lợi từng được chọn làm trụ sở của ủy ban Liên phái bảo vệ Phật giáo và là nơi tổ chức thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống Nhất năm 1963. Từ năm 1981 đến tháng 5 năm 1993, chùa đặt trụ sở Văn phòng II Giáo hội Phật giáo Việt Nam tại phía Nam.