Đến năm 1950 Hoà thượng Thích Thiện Hòa đã tôn tạo ngôi chùa, xây dựng ngôi chánh điện và lập trường Phật học. Sau đó chùa được đổi tên là Ấn Quang và được chọn làm trụ sở Phật học đường Nam Việt.
Từ năm 1955 đến năm 1978, Hoà thượng Thích Thiện Hoà đã cho tái thiết ngôi chùa bằng vật liệu kiên cố theo đồ án của kiến trúc sư Nguyễn Hữu Thiện. Điện phật được bài trí đơn giản, trang nghiêm. Chính giữa thờ Đức Phật Thích ca Mầu ni.
Chùa đã từng đặt trụ sở Giáo hội Tăng già Việt Nam (1950-1963), văn phòng Viện Hoá đạo và Viện Tăng thống giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống Nhất (1967-1980). Từ năm 1982, chùa đặt trụ sở Ban trị sự Phật giáo Tp. Hồ Chí Minh.