Bảo tàng có hai phần trưng bày:
Phần 1: trưng bày lịch sử Việt Nam từ khi có dấu vết con người (cách đây khoảng 300.000 năm) đến năm 1930 khi Ðảng Cộng sản Việt Nam ra đời gồm các phòng:
- Thời kỳ Nguyên thủy ở Việt Nam
- Thời kỳ Hùng Vương dựng nước
- Thời kỳ đấu tranh giành độc lập dân tộc (thế kỷ 1 - 10)
- Thời Lý (thế kỷ 11 - 13)
Thời Trần (thế kỷ 13 - 14)
- Thời Lê (thế kỷ 15 - 17)
- Thời Tây Sơn (thế kỷ 18 - đầu 19)
- Thời Nguyễn (thế kỷ 19 - giữa 20).
Phần 2: trưng bày một số chuyên đề mang đặc trưng của khu vực phía Nam như: văn hoá Óc Eo; văn hoá cổ đồng bằng sông Cửu Long, nghệ thuật Chăm pa; Bến Nghé Sài Gòn, thành phần các dân tộc Việt Nam, gốm có một số nước Châu Á. Ngoài hệ thống trưng bày, Bảo tàng còn có một hệ thống kho bảo quản hiện vật với số lượng và loại hình phong phú.