Selon les registres historiques, elle a été construite dans la 2e année du règne de Thuân Thiên sous la dynastie des Ly, un an après que le roi Ly Thai To a déplacé la capitale de Hoa Lu à Thang Long. Autrefois, la pagode était appelée Van Tuê et située à Quan La, aujourd'hui village de Vê Hô, quartier de Xuân La, district de Tây Hô.
Le livre intitulé "Thang Long Cô Tich Khao» dit que : «Dans la 5e année de Ly Thuân Thiên (1014), le très vénérable Huu Nhai, patriarche de la Sangha bouddhiste du Vietnam, a demandé au roi d'établir une plate-forme dans la pagode et d'organiser des rites pour ceux qui voulaient suivre la religion bouddhiste. Le roi publia un édit pour matérialiser la suggestion du moine ». Ce fait montre que la pagode a été construite probablement avant la dynastie des Ly, car à ce moment-là, il fut le lieu de prédilection pour de nombreux vénérables et moines.
La pagode a un porche à 5 travées et un sanctuaire à 3 travées formant le caractère chinois (丁). Comme d'autres pagodes dans le Nord, elle a trois statues de Bouddha - du passé, présent et futur - placés dans la position la plus élevée, suivies par le Bouddha Amitabha et la déesse de la Miséricorde. A l'extérieur, il y a une statue de Bouddha nouveau-né. Sur le toit de la pagode, il y a trois lettres " Van Niên Tu" qui signifie « la pagode existera à jamais ».
Bien que la pagode ait connu plusieurs restaurations, elle conserve encore des caractéristiques et des objets qui ont une grande valeur historique et artistique, comme le mur de la salle principale construit avec un genre typique de brique vô de la dynastie des Ly. Elle dispose également d'un ensemble de 46 statues rondes, dont 26 statues de Bouddha, 20 statues de déesses mères et patriarches, deux cloches de bronze moulées sous le règne de la dynastie des Nguyên, 11 ordonnances de génie et de nombreux autres objets de culte. Notamment, sur la cloche de la dynastie Gia Long (1802-1820) a été gravée une chronique qui informe que la pagode Van Niên est un vestige et une belle place à l'ouest de la capitale impériale de Thang Long. Bien que la pagode ne soit pas grande, sa présence au bord du lac de l'Ouest lui donne un aspect spacieux. Les premier et quinzième jours de chaque mois lunaire, les gens vont souvent à la pagode pour prier pour la paix, la santé et le bonheur.
Avec ses grandes valeurs en termes d'histoire et de culture, la pagode a été classée vestige historique et culturel national en 1996 par le ministère de la Culture, des Sports et du Tourisme. Au fil des années, les autorités et les habitants du district de Tây Hô, et le maître Thich Minh Tuê, le gérant de la pagode, n’ont pas épargné leurs efforts pour préserver la beauté antique de ce monument./.