Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý để Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thay mặt Chính phủ ký “Hồ sơ đăng ký mở rộng tiêu chí (VIII), bổ sung tiêu chí (IX) và (X) Di sản thiên nhiên thế giới Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, tỉnh Quảng Bình, Việt Nam” đề nghị Tổ chức Khoa học, Giáo dục và Văn hóa của Liên hiệp quốc (UNESCO) công nhận lần thứ 2 là Di sản thiên nhiên thế giới.
Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng đã được UNESCO đưa vào Danh mục Di sản Thế giới năm 2003 với tiêu chí (VIII) về giá trị địa chất – địa mạo. Đến năm 2009, hồ sơ Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng bổ sung thêm tiêu chí (X) về đa dạng sinh học đã được gửi tới UNESCO đề nghị công nhận lần 2. Tuy nhiên, tại Kỳ họp lần thứ 35 của Ủy ban Di sản Thế giới (năm 2011) đã quyết định chuyển lại hồ sơ Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng để Việt Nam giải quyết các kiến nghị liên quan tới tính toàn vẹn, công tác bảo vệ và quản lý di sản.
Kể từ đó tới nay, UBND tỉnh Quảng Bình đã giao cho các Sở, ban, ngành của tỉnh cùng Ban quản lý Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng và các cơ quan khoa học bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo hướng mở rộng Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng lên diện tích 123.326 ha như Quyết định số 1062/QĐ-TTg ngày 05/7/2013 của Thủ tướng Chính phủ về điều chỉnh ranh giới diện tích Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng. Các tiêu chí đề nghị công nhận mở rộng và bổ sung là: tiêu chí (VIII) về địa chất – địa mạo; tiêu chí (IX) về quá trình sinh thái và sinh học và (X) về đa dạng sinh học.
Căn cứ đề nghị của UBND tỉnh Quảng Bình tại Công văn số 869/UBND-KTN ngày 08/8/2013, ngày 28/8/2013, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã tổ chức buổi họp góp ý Hồ sơ Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng trình UNESCO đưa vào Danh mục Di sản Thế giới (lần 2). Tham gia buổi họp có đại diện lãnh đạo của Hội đồng Di sản Văn hóa quốc gia, Ủy ban quốc gia UNESCO Việt Nam, UBND tỉnh Quảng Bình và các nhà khoa học liên quan.
Ngày 05/9/2013, UBND tỉnh Quảng Bình có Công văn số 1017/UBND, kèm theo hồ sơ Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng đã được chỉnh sửa, bổ sung theo ý kiến góp ý của các đại biểu. Trên cơ sở đề nghị của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Hội đồng Di sản văn hóa đã có Công văn số 19/HĐDSVHQG-VP ngày 19/9/2013 báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, ủy quyền cho Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thay mặt Nhà nước ta ký Hồ sơ Vườn quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng trình UNESCO xem xét công nhận lần thứ 2 là Di sản Thiên nhiên Thế giới.