Hệ thống di tích gắn với phong trào khởi nghĩa Yên Thế gồm 6 loại hình cơ bản. Theo đó, các định hướng bảo tồn, tôn tạo di tích được thực hiện với từng loại hình di tích cụ thể.

Đối với di tích làng chiến đấu, giai đoạn tiừ năm 1884 đến 1889. Do thời gian và tốc độ đô thị hóa gia tăng trong những năm qua ở hầu hết các địa phương trong cả nước, khiến quy mô, cấu trúc nhà cửa, đường làng, ngõ xóm, tập quán sinh hoạt… đã bị thay đổi. Việc phục hồi không gian các làng chiến đấu gắn với cuộc khởi nghĩa Yên Thế giai đoạn cuối thế kỷ XIX không khả thi. Để bảo tồn địa danh các làng chiến đấu này, cần làm mô hình, sa bàn ở tỷ lệ thích hợp để trưng bày, giới thiệu tại Nhà trưng bàu về Khởi nghĩa Yên Thế ở khu trung tâm Phồn Xương, huyện Yên Thế.

Đối với di tích đồn lũy, công sự chiến đấu, giai đoạn từ năm 1890 đến 1893 và từ năm 1894 đến 1909, chỉ lựa chọn để phục hồi, tái hiện một số không gian của những đồn lũy tiêu biểu trên cơ sở khoa học, đảm bảo khả năng đầu tư và điều kiện quản lý, phát huy giá trị bằng vật liệu bền vững như bê tông giả đất, bê tông giả gỗ, tre, nứa, lá…

Đối với di tích tôn giáo tín ngưỡng. Các đình, đền chùa, miếu, nghè, điếm… được xây dựng trước khi diễn ra cuộc khởi nghĩa, là nơi sinh hoạt văn hóa của nhân dân và là căn cứ hoạt động của Nghĩa quân Yên Thế giai đoạn từ năm 1884 đến 1913, nơi diễn ra các cuộc họp bàn quan trọng trong việc đánh Pháp, làm nơi chiêu tập binh lính, nơi tế cờ xuất trận… được đầu tư từng bước để tu bổ, tôn tạo theo điều kiện hiện trạng, trên cơ sở khoa học, đảm bảo nguyên tắc bảo tồn tối đa yếu tố gốc.

Đối với di tích gắn với thời thơ ấu của Hoàng Hoa Thám, công trình tưởng niệm Hoàng Hoa Thám và Nghĩa quân cần được đầu tư tu bổ, tôn tạo tương xứng với công lao của Đề Thám và các nghĩa quân, phù hợp với địa hình tự nhiên, gắn kết với không gian kiến trúc cảnh quan của toàn khu vực.

Đối với Địa điểm trung tâm hành chính, quân sự do thực dân Pháp thiết lập, cần thực hiện quy hoạch khoanh vùng, cắm mốc giới bảo vệ và xây dựng bia chỉ dẫn di tích ở vị trí thích hợp.

Đối với các dấu tích và địa điểm khác gắn với phong trào Khởi nghĩa Yên Thế cần bảo vệ cảnh quan và địa hình tự nhiên.