Theo đó, Quy chế nêu cao trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân trong việc quản lý và bảo vệ di tích khảo cổ học, di sản địa chất và toàn thể danh thắng.

Ủy ban Nhân dân tỉnh Ninh Bình nghiêm cấm các hoạt động đục, phá các hang động, mái đá, thung lũng và vùng bảo vệ núi có di tích khảo cổ học, di sản địa chất và cảnh quan làm ảnh hưởng đến hình dáng tự nhiên, những yếu tố gốc của di sản; nghiêm cấm việc san ủi, nạo vét, đào đất trên bề mặt các di tích khảo cổ, di sản địa chất và cảnh quan; không sử dụng các di tích khảo cổ, di sản địa chất, cảnh quan làm nơi nuôi nhốt, chăn thả gia súc hoặc làm dịch vụ; không xây dựng trái phép các công trình hoặc đào ao, hồ làm ảnh hưởng đến yếu tố gốc của di sản.

Ủy ban Nhân dân cũng nghiêm cấm không săn bắt các loại động vật hoang dã sống trong khu vực bảo vệ làm xâm hại đến hệ sinh thái; không mang chất độc hại, chất nổ, chất dễ cháy, xả rác thải, dầu thải, đổ bùn đất... vào các di tích khảo cổ, di sản địa chất, cảnh quan; không để xảy ra các hoạt động xâm hại đến môi trường, cảnh quan thiên nhiên của Quần thể danh thắng Tràng An...

Tỉnh Ninh Bình giao Ban Quản lý Quần thể danh thắng Tràng An chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan lập bản đồ phân bố và phạm vi bảo vệ các di tích khảo cổ, di sản địa chất, cảnh quan di sản; tham mưu cho Ủy ban Nhân dân tỉnh ban hành các văn bản về quản lý các di tích khảo cổ, di sản địa chất và cảnh quan thuộc Quần thể danh thắng Tràng An; điều tra, thăm dò, khai quật, nghiên cứu, lập quy hoạch khảo cổ cho các khu, điểm có di tích khảo cổ, di sản địa chất...

Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Ninh Bình có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với Ban Quản lý Quần thể danh thắng Tràng An và các cơ quan liên quan thực hiện việc đề xuất cấp giấy phép thăm dò, khai quật, nghiên cứu di tích khảo cổ, di sản địa chất và cảnh quan Quần thể danh thắng Tràng An; quản lý, tổ chức khai thác hang động và hoạt động du lịch theo quy định...

Tỉnh Ninh Bình giao các ngành hữu quan quản lý tài nguyên, bảo vệ môi trường di sản, quản lý diện tích rừng đặc dụng Hoa Lư nằm trong Quần thể danh thắng Tràng An, thanh tra, kiểm tra các hoạt động xây dựng trong khu di sản, áp dụng các công nghệ đã được thẩm định vào công tác quản lý, bảo tồn, phát huy giá trị di tích khảo cổ, di sản địa chất, cảnh quan Quần thể danh thắng Tràng An...

Ủy ban Nhân dân các huyện, xã nơi có khu di sản, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mình thực hiện công tác quản lý và bảo vệ Quần thể danh thắng Tràng An.