Có từ thời nhà Lý - thế kỷ 11 và được xây lại vào đầu thế kỷ 18, chùa Bổ Đà là một tập hợp di tích gồm chùa chính (Tứ Ân Tự) cùng hai đền thờ Đức Thánh Hóa và Thạch Tướng Đại Vương.

Bộ kinh được xếp trên 8 giá, mỗi giá có 4 tập sách kinh gồm 240 tấm ván gỗ hợp thành, tất cả có khoảng gần 2.000 tấm. Mỗi tấm gỗ dùng để khắc kinh dài trung bình 50cm, rộng 25cm và dày khoảng 2,5cm. Nếu muốn xem đồng loạt toàn bộ kho kinh cổ ở đây thì phải có khoảng đất rộng 250m² để rải các tấm ván kinh ra. Bộ kinh được khắc trên gỗ thị, một loại cây gỗ mọc phổ biến ở vùng rừng núi này. Gỗ thị không những bền mà còn rất nhẹ, đây cũng là một đặc điểm thuận lợi để khắc cũng như vận chuyển kinh.Bộ kinh được hình thành xuất phát từ ý tưởng của các vị tổ sư, đồng thời cũng là những người xây dựng ra ngôi chùa muốn có một bộ kinh để truyền dạy đạo Phật, đồng thời là một di vật Phật học đặc biệt để lại cho đời sau. Bộ kinh mang những tư tưởng của hai dòng Phật giáo lớn nhất Châu Á xưa là Ấn Độ và Trung Hoa.Chùa Bổ Đà rất đẹp và u tịch, xung quanh là tường đất bao phủ, phía xa có núi sông bao bọc. Nhiều người vẫn gọi Bổ Đà là chùa đất bởi không gian trong chùa man mác một màu nâu của đất, từ bể nước, tường, gạch cũ rêu phong... Về đây, du khách sẽ được chiêm ngưỡng tượng thờ Trúc Lâm Tam Tổ (gồm Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang). Đặc biệt trong chùa còn lưu giữ bộ kinh Phật cổ nhất Việt Nam được khắc trên gỗ thị.

Đặc biệt, bộ kinh gỗ này có nói đến những đặc trưng của Phật giáo Trung Hoa khi được truyền vào Việt Nam với 3 tông phái (Thiền tông, Tịnh độ tông và Mật tông). Trọng tâm của bộ kinh nói đến nỗi khổ của con người và sự giải thoát. Trong đó tiêu biểu nhất là Tứ Diệu Đế - 4 chân lý kỳ diệu của đạo Phật - gồm: Khổ Đế, Nhân Đế, Diệt Đế và Đạo Đế.Trải qua gần 300 năm, bộ kinh hiện nay vẫn còn khá nguyên vẹn. Đặc biệt là những tấm gỗ thị dùng để khắc kinh đều rất bền, đẹp, không bị mối mọt, dù không dùng một loại thuốc bảo quản nào. Kinh được khắc nổi bằng chữ Hán, nét chữ tinh xảo, đến nay vẫn còn rất sắc, rõ nét.

Sự độc đáo của bộ kinh đặc biệt này đã thu hút hàng nghìn khách thập phương về đây tham quan, tế lễ mỗi năm.Bộ kinh còn nói đến cõi niết bàn, những vòng luân hồi chuyển kiếp của một đời người, giải thích thế nào là sự tu nhân tích đức, cõi vô vi... Bộ kinh cũng thể hiện những tư tưởng của Phật giáo Việt Nam, đặc biệt là sự ảnh hưởng của dòng Phật giáo thiền phái Trúc Lâm Tam Tổ.