Đề án 334 có phạm vi quy hoạch với tổng diện tích tự nhiên khu di tích là 9.252ha. Vùng bảo vệ di tích có khu vực bảo vệ I với diện tích 213,5ha, gồm các điểm di tích: Chùa Giải Oan, Hòn Ngọc, vườn Tháp, khu tháp Tổ, chùa Hoa Yên, chùa Vân Tiêu... Khu vực bảo vệ II có diện tích 708ha, gồm các tuyến đường hành hương nối vào các điểm di tích, vùng rừng tự nhiên xung quanh di tích. Vùng bảo vệ riêng biệt là 1.825,5ha, gồm vùng cảnh quan xung quanh các điểm di tích... Đồng thời, Khu di tích Yên Tử được phân thành 5 khu chức năng: Khu vực di tích, công trình dịch vụ, công trình hạ tầng xã hội, công trình quản lý, các khu nhà ở… Với khối lượng công việc và nguồn vốn đầu tư lớn, Đề án được phân kỳ thành nhiều giai đoạn. Trong đó, giai đoạn 2013-2015 sẽ thực hiện việc lập quy hoạch, công tác chuẩn bị đầu tư; thực hiện việc đầu tư xây dựng bảo tồn, tôn tạo công trình kiến trúc chùa, am, tháp; đầu tư xây dựng hạ tầng chính khu di tích.

Sau 2 năm Đề án có quyết định phê duyệt, đến thời điểm này các dự án thành phần đang cơ bản được triển khai thực hiện đúng quy hoạch, tuân thủ các quy định quản lý di tích hiện hành như: Dự án tuyến đường từ ngã tư Nam Mẫu đến bến xe chùa Hồ Thiên; quy hoạch chi tiết khu trung tâm lễ hội; dự án đầu tư tu bổ, tôn tạo chùa Hoa Yên; dự án chùa Một Mái - Am Dược; dự án đầu tư bảo tồn các am thất, tháp mộ, khu Mắt Rồng; hệ thống điểm dừng chân và nhà vệ sinh dọc tuyến hành hương; hệ thống điện chiếu sáng dọc tuyến đường hành hương, chùa Một Mái, Am Dược… Đáng chú ý là có những dự án, công trình quan trọng đã được khánh thành, góp phần lớn trong việc gìn giữ, phát huy giá trị của di tích, đáp ứng nhu cầu văn hoá tín ngưỡng, tâm linh của nhân dân. Riêng đối với Dự án khu văn hoá nhà Trần kết hợp trường quay phim lịch sử do Công ty CP Việt Nam Tinh Hoa làm chủ đầu tư, hiện công tác GPMB khu vực Bãi Nẫu đã cơ bản hoàn tất. Chủ đầu tư đang khẩn trương hoàn thiện các thủ tục cần thiết để triển khai các bước tiếp theo của dự án.

Trong đề án 334, Công ty CP Phát triển Tùng Lâm có 9 dự án thì phần lớn trong số này là các dự án phát triển dịch vụ tại Yên Tử. Hiện nay, trạm thông tin Yên Tử tại khu vực An Kỳ Sinh, dịch vụ chùa Suối Tắm; hệ thống bảng chỉ dẫn khu di tích Yên Tử… đã được hoàn thành và đưa vào sử dụng. Đối với 9 điểm dừng chân trên tuyến đường hành hương từ chùa Giải Oan đến An Kỳ Sinh, từ giữa năm 2013, Công ty Tùng Lâm chuẩn bị hồ sơ 6 điểm, đang tiến hành lập phương án kiến trúc của 3 điểm, việc xây dựng các điểm dừng chân còn lại sẽ được làm trong năm nay. Còn với những dự án lớn sẽ mang lại thay đổi rõ nét cho Yên Tử là Quy hoạch tổng thể Khu trung tâm lễ hội; dịch vụ bến xe Giải Oan và Trung tâm dịch vụ tại xã Thượng Yên Công hiện Công ty đã ký hợp đồng thiết kế ý tưởng với Công ty Bensley Design (Mỹ) và Công ty tư vấn Đông Dương. Dự kiến cuối tháng 2/2015 những đơn vị tư vấn trên sẽ trình duyệt thiết kế ý tưởng để trình duyệt các cấp. Ngay sau khi thiết kế ý tưởng được phê duyệt, các bước tiếp theo của những dự án này sẽ được triển khai thi công rất nhanh. Bởi lẽ theo khẳng định của Công ty Tùng Lâm, mặc dù phần kinh phí đầu tư dự án lên tới hàng nghìn tỷ đồng nhưng cũng đã được đơn vị chuẩn bị đầy đủ.

Như vậy là các dự án thành phần, đặc biệt là những dự án lớn của Đề án 334 đang có những bước chuyển động hết sức tích cực. Tin tưởng rằng trong tương lai không xa, khi những dự án trên hoàn thành, Yên Tử sẽ được nâng tầm giá trị di sản, trở thành Trung tâm Phật giáo - Thiền phái Trúc Lâm Việt Nam, một trung tâm du lịch văn hoá tâm linh xứng tầm với một di tích quốc gia đặc biệt và là điểm du lịch quan trọng trên tuyến Hà Nội - Hạ Long.