Theo hòa thượng Thích Huệ Thông - trụ trì chùa Hội Khánh, cho biết: chùa này do Đại Ngạn thiền sư xây dựng năm 1741. Năm 1923 - 1926, cụ Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc (thân sinh Hồ Chủ tịch) đã đến đây.

Cùng với hòa thượng Từ Văn, cụ Nguyễn Sinh Sắc và nhà yêu nước Tú Cúc Phan Đình Vũ lập ra Hội danh dự yêu nước để truyền bá tư tưởng yêu nước. Ở đây cụ Sắc dạy chữ Hán, giảng kinh Phật... nhưng chủ yếu là để truyền bá tư tưởng yêu nước. Năm 1926, Pháp phát hiện hoạt động yêu nước ở chùa Hội Khánh và theo dõi, cụ Sắc rời khỏi Thủ Dầu Một.

Hiện nay, ở chùa còn lưu lại đôi câu đối do cụ Sắc viết. Nội dung hai câu đối như sau:

“Đại đạo quảng khai, thố giác khêu đàm để nguyệt
Thiền môn giáo dưỡng, quy mao, thằn thụ đầu phong”

Hai câu đối trên có nghĩa là: Mở rộng đạo lớn như sừng thỏ, như mò trăng đáy nước; Nuôi dưỡng mái chùa như lông rùa, như cột gió đầu cây.

Ngoài ra cụ Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc còn để lại cuốn sổ coi địa lý và cái la bàn, hiện được lưu bày ở Bảo tàng tỉnh Bình Dương.

Nội điện chùa Hội Khánh có trang thờ Hồ Chủ tịch, sau hậu điện có một gian phòng trưng bày hình ảnh về gia đình cụ Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc và một số kỷ vật liên quan như: cuốn sách coi địa lý, la bàn.

Chùa Hội Khánh có kiến trúc kiểu Nam Bộ trùng thềm trùng lươn (tức là nối sát nhau liên tục). Cấu trúc chùa gồm: tiền điện, chính điện, hậu tổ, giảng đường, đông lan, tây lan. Cổng chùa được đắp bằng những hình nổi làm bằng sành sứ màu, sau này chùa còn được xây thêm tháp đựng kinh sách. Tháp khá cao và nhìn như một Tàng kinh các của một chùa Thiếu lâm tự. Trong khuôn viên của chùa Hội Khánh có bức tượng Phật nằm và các đệ tử quỳ bên cạnh. Tượng làm bằng đá trắng cẩm thạch rất đẹp. Trong khuôn viên chùa còn có một nhóm tượng mô tả lại cảnh Thái tử Tất Đạt Đa thành Phật.

Chùa Hội Khánh được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ) xếp hạng di tích lịch sử văn hóa năm 1993.