Tổng Công ty Du lịch Sài Gòn có 02 đơn vị thành viên là Công ty Dịch vụ Lữ hành Saigontourist và Làng Du lịch Bình Quới đang khai thác các tuyến du lịch đường sông, chủ yếu tại khu vực đồng bằng sông Cửu Long và thành phố Hồ Chí Minh.
Trong 10 năm gần đây, Công ty Dịch vụ Lữ hành Saigontourist đã triển khai hiệu quả du lịch đường sông với nhiều hành trình đa dạng như: du lịch đường sông Việt Nam - Campuchia bằng du thuyền cao cấp nối thành phố Hồ Chí Minh với Phnôm Pênh đi qua các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long (hợp tác với hãng lữ hành nước ngoài), ngắm sông Sài Gòn về đêm, thưởng thức rối nước, ngắm hoàng hôn trên sông - dự lễ cưới truyền thống, tour Củ Chi, tour ngược dòng Mê Kông khám phá Angkor huyền bí…
Năm 2011, Công ty Dịch vụ Lữ hành Saigontourist dự kiến thu hút khoảng 2.000 khách du lịch đường sông. Riêng Làng Du lịch Bình Quới kinh doanh chủ yếu loại hình tàu nhà hàng Sài Gòn với sức chứa 600 khách. Tàu chạy tầm ngắn đưa khách tham quan sông Sài Gòn theo hướng từ bến Bạch Đằng đến khu du lịch Tân Cảng, thời gian đi và về khoảng 1 giờ 30 phút.