Hành khách của Vietnam Airlines khi đến/đi từ huyện đảo Phú Quốc sẽ tiến hành làm thủ tục, gửi hành lý và lên tàu bay tại cảng hàng không mới (tại xã Dương Tơ) thay cho cảng hàng không cũ (thị trấn Dương Đông) như trước đây.

Do cảng hàng không quốc tế Phú Quốc cách xa trung tâm thị trấn Dương Đông hơn so với cảng hàng không cũ, Vietnam Airlines khuyến cáo hành khách chủ động kế hoạch di chuyển đến sân bay sớm hơn để việc hoàn tất thủ tục cho chuyến bay được thuận lợi.

Hiện nay, Vietnam Airlines đang khai thác 67 chuyến bay mỗi tuần đi/đến Phú Quốc, bao gồm 56 chuyến/tuần giữa thành phố Hồ Chí Minh-Phú Quốc, 4 chuyến/tuần giữa thành phố Hồ Chí Minh-Rạch Giá-Phú Quốc, 7 chuyến/tuần giữa Phú Quốc-Cần Thơ bằng tàu bay ATR72.

Từ ngày 12/12/2012, Vietnam Airlines sẽ bắt đầu khai thác đường bay mới Hà Nội-Phú Quốc với tần suất 5 chuyến/tuần sử dụng tàu bay Airbus A321, đồng thời sẽ bắt đầu khai thác loại tàu bay này trên một số chuyến bay giữa thành phố Hồ Chí Minh-Phú Quốc.