Việc vinh danh lần thứ hai vào danh sách Di sản thế giới dựa vào hai tiêu chí đặc biệt của Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, gồm: ví dụ nổi bật đại diện cho các tiến trình sinh thái trong sự tiến hóa và phát triển của các hệ sinh thái trên cạn (tiêu chí 9); sở hữu môi trường sống tự nhiên có ý nghĩa nhất đối với việc bảo tồn đa dạng sinh học (tiêu chí 10).

Trong lần họp này, có đến năm bộ hồ sơ di sản thiên nhiên trình lên UNESCO nhưng chỉ được duyệt hai hồ sơ, trong đó có Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng. 

Đồng thời, Ủy ban Di sản Thế giới cũng chấp thuận mở rộng Vườn quốc gia từ diện tích 85.754 ha lên diện tích 123.326 ha.

Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được biết đến là khu vực có kiến tạo karst cổ nhất và lớn nhất Châu Á mang trong mình nhiều bằng chứng về các giai đoạn lịch sử hình thành về địa chất của vỏ trái đất với hệ thống hang động, sông ngầm phong phú, đa dạng trong đó có Sơn Đoòng - hang động có cảnh quan thiên nhiên kỳ vỹ và lớn nhất thế giới; hiện tại, Phong Nha - Kẻ Bàng được biết đến là khu vực chứa đựng những giá trị nổi bật toàn cầu về hệ sinh thái và đa dạng sinh học.

Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng có rừng nhiệt đới ẩm, còn tương đối nguyên vẹn trên núi đá vôi với độ che phủ chiếm 94%, trong đó 84% là rừng nguyên sinh. 

Vườn có trên 2.934 loài thực vật bậc cao có mạch và hơn 800 loài động vật có xương sống, trong đó có nhiều loài nằm trong Sách đỏ của Tổ chức bảo tồn thiên nhiên thế giới IUCN và chỉ tồn tại một số nơi ở trên thế giới. 

Mức độ đặc hữu ở khu vực này được xác định là cao với trên 400 loài thực vật của Việt Nam và 38 loài động vật của dãy Trường Sơn. 

Có nhiều loài mới được ghi nhận như bò cạp hang động, cá, thằn lằn, rắn, rùa.

Đặc biệt quan trọng, ở đây có bốn phân loài linh trưởng đặc hữu đang bị đe dọa gồm: Voọc Hà Tĩnh, phân loài Voọc Hà Tĩnh, Chà vá Chân nâu, Vượn đen má trắng. 

Báo cáo đánh giá thẩm định của IUCN nhấn mạnh số lượng loài động, thực vật của Phong Nha - Kẻ Bàng có sự đa dạng cao nhất ở Việt Nam và rất cao so với các Di sản thế giới các nước trong và ngoài khu vực. 

Với những giá trị trên, Phong Nha - Kẻ Bàng là vườn quốc gia thứ ba châu Á và đầu tiên trong khu vực đạt ba trên bốn tiêu chí dành cho một di sản thiên nhiên. 

Sự công nhận của Ủy ban di sản thế giới không những khẳng định mức độ đa dạng, đặc hữu và toàn vẹn của thế giới tự nhiên tồn tại nơi đây mà còn ghi nhận nỗ lực của Chính phủ Việt Nam, Ủy ban Quốc gia UNESCO Việt Nam, tỉnh Quảng Bình và Ban quản lý vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng đối với nỗ lực quản lý, bảo tồn, nghiên cứu, bảo vệ, thực thi pháp luật và nâng cao nhận thức cộng đồng. 

Lần này Ủy ban Di sản Thế giới đánh giá cao sự nghiêm túc và trách nhiệm của Việt Nam trong quá trình chuẩn bị, trình, thẩm định và bảo vệ hồ sơ.

Sự kiện vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được công nhận theo tiêu chí mới về Di sản thiên nhiên thế giới là một vinh dự không chỉ cho tỉnh Quảng Bình mà còn cho đất nước Việt Nam. 

Trước đó, vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được cộng nhận là Di sản thiên nhiên thế giới lần thứ nhất vào tháng 7/2003 theo tiêu chí 8 với giá trị ngoại hạng về địa chất và địa mạo.