Theo Đề án, điều chỉnh khu vực bảo vệ I và khu vực bảo vệ II các di tích theo quy định của Luật di sản văn hóa; mở rộng phạm vi ranh giới, không gian Khu di tích để bảo vệ di tích, bảo vệ cảnh quan - môi trường.

Tổng diện tích tự nhiên khu di tích là 9.252 ha. Riêng Vùng bảo vệ di tích có khu vực bảo vệ I diện tích 213,5 ha (gồm các điểm di tích chính dọc trục Bắc Nam như chùa Giải Oan, Hòn Ngọc, vườn Tháp, khu tháp Tổ, chùa Hoa Yên, chùa Vân Tiêu...). Khu vực bảo vệ II diện tích 708 ha (gồm các tuyến đường hành hương nối vào các điểm di tích, vùng rừng tự nhiên xung quanh di tích) và vùng bảo vệ riêng biệt 1.825,5 ha (gồm vùng cảnh quan xung quanh các điểm di tích...).

Được xác định trên cơ sở cảnh quan không gian vùng di tích Yên Tử có sự kết nối với Khu di tích lịch sử nhà Trần ở Đông Triều.

Khu di tích Yên Tử được phân thành 5 khu chức năng: khu vực di tích, công trình dịch vụ, công trình hạ tầng xã hội, công trình quản lý, các khu nhà ở.

Trong đó, khu vực di tích được phân theo 2 cụm. Cụ thể, cụm di tích dọc theo tuyến đường chính từ Dốc Đỏ đến bến xe Giải Oan, bao gồm các chùa: Chùa Trình, chùa Suối Tắm, chùa Cầm Thực, chùa Lân (Thiền viện Trúc lâm).

Cụm di tích trung tâm bao gồm các di tích từ chùa Giải Oan đến chùa Đồng, gồm các di tích chính: Chùa Giải Oan, Hòn Ngọc, Tháp Tổ, chùa Hoa Yên, chùa Một mái, am Hoa, am Dược, am Thiền Định, am Ngọa Vân, chùa Bảo Sái, chùa Vân Tiêu, tượng An Kỳ Sinh, bia Phật, chùa Đồng và các am, thất chưa phát lộ... các tuyến đường hành hương, các cảnh quan danh thắng gắn với các di tích.

Đề án mở rộng Khu di tích lịch sử và danh thắng Yên Tử, tỉnh Quảng Ninh nhằm bảo vệ gìn giữ, phát hiện, làm sáng tỏ, phong phú thêm các giá trị văn hóa vật thể (chùa, am, tháp...) và các giá trị văn hóa phi vật thể của Khu di tích; tôn vinh giá trị bản sắc của Phật giáo Việt Nam, trong đó có sự đóng góp đặc biệt quan trọng của Thiền phái Trúc Lâm.

Đề án được thực hiện theo 3 giai đoạn từ năm 2013 - 2025./.