La Cour considérait Câu comme un rebelle dangereux qu’il fallait supprimer à tout prix. On mobilisa une escadre commandée par un officier très versé dans les combats navals. Câu lui opposa une dizaine de navires qui bientôt prirent la fuite. Les bâtiments royaux les poursuivirent. Les navires rebelles vinrent s’abriter dans le port de Cat Bà. En cet endroit, les eaux étaient très agitées, les grosses vagues empêchaient les grands bâtiments royaux d’avancer et les refoulaient vers la rive est. Câu n’attendait que ce moment. Il fit encercler par ses navires légers l’escadre ennemie qui fut mise en pièces. Le commandant fut fait prisonnier.

La Cour envoya dix armées commandées par un célèbre général. Câu choisit un endroit propice pour dissimuler ses hommes. Une force disparate marcha à la rencontre de l’ennemi. À mesure que les troupes royales avançaient, les hommes de Câu reculèrent en abandonnant leurs armes. L’ennemi tomba dans l’embuscade. Sur un signal donné, les hommes de Câu se ruèrent sur les dix armées et les anéantirent. Le général, n’eut que le temps de fuir.

L’ultimatum à Câu

Pham Dinh Trong, devenu homme de confiance des seigneurs Trinh, se porta volontaire pour aller combattre son ancien camarade de classe. Avant d’engager la bataille, il lança à Câu un ultimatum où il était dit :
- Si vous vous soumettez, vous aurez la vie sauve, si vous résistez, ce sera pour votre perte.
Câu lui répondit en ces termes :
- Je serai ou roi ou rien. Me rendre jamais.

Les premiers combats se terminèrent à l’avantage de Câu. Trong rassembla toutes les troupes des deux zones militaires Nord et Ouest et en constitua une grande armée. Devant un adversaire de beaucoup supérieur en nombre les troupes de Câu, étirées le long du rivage, furent acculées dans un endroit. Tous ceux qui essayaient de rompre l’encerclement furent tués. Câu se trouvait dans une situation très désavantageuse. Une nuit, Câu entra dans l’eau, nagea jusqu’au navire amiral ennemi et réussit à monter à bord. Pour rappel, par son talent de natation, Câu est appelé familièrement le duc He (He, ayant pour nom scientifique Barbonymus schwanenfeldii, est un espèce de poisson de la famille des cyprinidés).

Trong dormait. Il lui laissa un message qui disait :
- Je peux te couper la tête aussi facilement que je prends un objet dans ma poche. Mais par camaraderie, je te fais grâce. En revanche, je te demande de me livrer passage.

Capturé et exécuté

Le message inquiéta vivement Trong qui ordonna de réquisitionner toutes les nattes des habitants de les assembler et d’en couvrir la surface de l’eau pour empêcher une nouvelle incursion. D’autre part, profitant de la demande de son adversaire, il lui ouvrit un passage tout en préparant une embuscade. Attaquées par surprise, les hommes de Câu se débandèrent, les uns furent tués, les autres noyés. Câu et une fraction réussirent à en réchapper par voie de mer. À Nghê An, ils furent surpris par une tempête et durent mettre pied à terre. Ils furent interceptés dans la région de Hoàng Mai, par un lieutenant de Trong. Au moment de sa capture, Câu s’écria :
- Le sort a voulu que ces canailles portent la main sur moi !

Lors de son exécution, sa femme Nguyên Thi Quynh vint le voir et se tua devant. Son fidèle cheval refusa la nourriture pendant trois jours, puis disparut. Aujourd’hui, les habitants de Dô Son continuent à célébrer le culte de Nguyên Huu Câu. Ils organisent chaque année des combats de buffles pour rappeler aux gens le souvenir d’un homme doué d’une force prodigieuse, dont seul le nom suffisait à faire frémir les troupes des seigneurs Trinh. L’expression «courageux comme le duc He» est devenue courante pour désigner toute personne qui fait preuve d’un grand courage.