Hột sen nấu chè theo kiểu Huế thường là hột sen tươi, vẫn còn nhựa và thơm mùi lá mới. Nếu là hột sen khô thì thường được rửa và ngâm với nước lạnh rất ít người đem ngâm nước tro hay một chất khác pha vào. Có lẽ vì người Huế sợ sen bị mất đi vị thơm nguyên chất vì "Sen không hương như cá ươn ngoài chợ, như trai ế vợ, như gái góa lỡ thời...".
Hột sen nấu chè theo kiểu Huế được đem hấp chín, sau đó nấu chung với nước đường cát trắng hay đường phèn trong vắt cho đến khi sôi nhẹ. Vị ngọt của đường đủ thấm vào hột sen là bắc ra ngoài bếp. Để được nồi chè ngon, người nấu phải túc trực canh chừng để lửa cháy vừa phải, tay khuấy, trộn thật nhẹ nhàng, thời gian cũng chỉ vừa đủ để hạt sen "không già, không non". Nấu già, hột sen sẽ mất hương thơm tự nhiên. Nấu non, hương sen sẽ không tỏa ngát. Hương sen dịu mát tự nhiên là thứ "bùa mê" của chè sen xứ Huế mà không hương liệu nhân tạo nào thay thế được.
Hình thức thăng hoa nhất của chè sen là chè hột sen bọc nhãn lồng. Hột sen mầu trắng ngà, kết hợp với mầu trắng trong của thịt nhãn (còn gọi là nhãn nhục) tạo ra một mầu sắc rất dịu, hài hòa và thanh khiết. Hột sen chín bở được gói trong nhãn nhục mềm mại, giòn tan, hợp với sở thích và khẩu vị của nhiều lứa tuổi.
Chè sen bọc nhãn lồng xứ Huế ngon nhất là chè sen hồ Tịnh Tâm bọc nhãn lồng Thành Nội. Hồ Tịnh Tâm nằm phía đông bắc Hoàng Thành. Cách đây hàng trăm năm đã nổi tiếng là nơi trồng sen nhiều nhất, hoa sen đẹp nhất và hạt sen thơm ngon đậm đà nhất của kinh thành Huế. Hạt sen hồ Tịnh, cùng với nhiều món ăn nổi tiếng khác của xứ Huế, đã trở thành những món quà quê hương, đại diện cho vùng đất luôn bàng bạc thơ văn và nhạc họa này, giống như chè Thái Nguyên, trà Đà Lạt, cà-phê Buôn Ma Thuột, mè sửng Song Hỷ, mực thước Tư Hiền, tôm khô Rạch Giá... Nhãn lồng được trồng bên những con đường chung quanh Đại Nội, đến mùa kết trái được lồng trong mo cau và gói lài cẩn thận. Có hai loại là nhãn ướt và nhãn ráo. Nhãn ướt mọng nước và thịt mềm. Nhãn ráo giòn nhưng thịt dày và hột nhỏ. Nhãn dùng bọc hạt sen ngon nhất là nhãn ráo. Hột nhãn lồng Thành Nội nhỏ nhắn và vừa vặn với hột sen hồ Tịnh. Do vậy, một người khéo tay với mỗi trái nhãn lồng Đại Nội vừa lột vỏ, có thể lấy hạt ra và thay bằng một hột sen hồ Tịnh, lành lặn và tự nhiên như thuở chưa "thay chàng đổi thiếp”.
Nhãn lồng bọc trong hột sen hấp chín sẽ được đổ vào chung với nước đường cát trắng hay đường phèn để nguội. Quả nhãn đã ra đời, lớn lên rồi già và chín từ trong trái nên chẳng cần gia cố gì thêm. Và thế là, mùi thơm ngọt dịu mát của sen, của nhãn lồng, của đường phèn hòa chung nước mát đã hòa lẫn, thăng hoa để làm nên một cốc chè đầy sức hấp dẫn. Ai một lần đến Huế cũng nên một lần thưởng thức, và chắc chắn sẽ không thể lãng quên.