Dù lượng khách đến Lý Sơn tăng cao, nhưng vẫn chưa tương xứng với những lợi thế và tiềm năng của đảo. Cơ sở hạ tầng, dịch vụ phục vụ cho ngành du lịch trên đảo Lý Sơn chưa được đầu tư đúng mức nên chưa thu hút và giữ chân du khách.

Đảo Lý Sơn cách đất liền 18 hải lý (tức khoảng 30km), với diện tích gần 10km² nhưng có gần 100 di tích lịch sử, văn hóa rất lâu đời và độc đáo. 

Đảo Lý Sơn cũng nổi tiếng trong cả nước với cây hành, cây tỏi mang hương vị đặc trưng riêng của vùng đất. Ở đây có đầy đủ các yếu tố để phát triển du lịch nghỉ dưỡng và tâm linh. Trung bình mỗi năm, đảo Lý Sơn đón khoảng 15 ngàn lượt khách đến tham quan. 

Riêng trong 8 tháng đầu năm 2014, Lý Sơn đã đón gần 18 ngàn lượt khách du lịch trong nước và quốc tế. Dự kiến cả năm sẽ đón khoảng 25 ngàn lượt du khách. Du khách khi tham quan Lý Sơn đều rất ấn tượng bởi nơi đây có phong cảnh đẹp, hoang sơ và là vùng đất chứa đựng nhiều giá trị văn hoá lịch sử lâu đời, đặc biệt là các giá trị văn hoá biển đảo. 

Chị Hoàng Thị Hoa, du khách đến từ thành phố Huế cho biết: "Đây là lần đầu tiên tôi đến đảo Lý Sơn. Tôi rất thích vẻ hoang sơ ở đây. Biển và phong cảnh nơi đây rất đẹp. Cuộc sống thì tĩnh lặng. Thật là khó để mà tìm thấy những điều này ở một nơi nào khác".

Ông Phạm Văn Hùng, Tổng giám đốc Công ty du lịch Việt Nam thành phố Hồ Chí Minh tâm sự ông đến Lý Sơn không chỉ để đi du lịch mà còn muốn tìm hiểu sâu hơn về đời sống, phong tục, tập quán, văn hóa của người dân vùng này, từ đó đưa ra định hướng đầu tư cho du lịch tại đây. Điều làm ông thấy rất thích là con người ở hòn đảo này rất mến khách, dễ gần. Ở đây không chỉ có những cảnh đẹp hoang sơ của núi, biển, hang động, mà còn có những cánh đồng hành, tỏi rất đẹp.

Điểm ấn tượng nhất là được lặn xuống biển chiêm ngưỡng những rạn san hô. Công ty chúng tôi sẽ lên phương án đầu tư, phát triển những nhà hàng nổi, du thuyền và một số loại hình du lịch khác tại đảo Lý Sơn, nhằm hình thành những khu du lịch biển, khu du lịch sinh thái chất lượng cao thì sẽ thu hút được nhiều du khách trong và ngoài nước.

Du khách lần đầu tiên đến đảo Lý Sơn đều cảm nhận những nét đẹp riêng của hòn đảo này. Nhưng, rất khó để lôi cuốn họ trở lại lần sau. Bởi, cơ sở lưu trú nhỏ lẻ trên đảo chỉ đáp ứng được cho khoảng 300 khách. Cơ sở hạ tầng kỹ thuật còn hạn hẹp, đường hẹp, phương tiện vận chuyển du khách đến các điểm tham quan còn bất cập. Hầu hết các điểm tham quan là các điểm du lịch tâm linh, còn mang nặng tính cộng đồng địa phương chứ chưa được quy hoạch để phục vụ du lịch. 

Đảo chưa có các công trình phúc lợi công cộng phục vụ cho người dân cũng như du khách. Môi trường biển quanh đảo lại ô nhiễm nặng bởi rác thải. Các hệ sinh thái biển đảo Lý Sơn đã bị suy thoái nghiêm trọng do đánh bắt thuỷ hải sản không bền vững. Những tồn tại này đã để lại ấn tượng không tốt khi du khách đến đảo Lý Sơn. 

Chị Lê Thùy Trang, du khách đến từ Hà Nội chia sẻ “Tôi đã đi du lịch rất nhiều nơi, khi đến Lý Sơn điều đầu tiên làm cho tôi không hài lòng là phương tiện đi lại, nơi ăn, chỗ ở. Cơ sở vật chất, hạ tầng rất̀ thô sơ, chưa được đầu tư. Theo tôi trong tương lai thì huyện đảo Lý Sơn cần có chính sách thu hút các nhà đầu tư để xây dựng những hạng mục về du lịch ví dụ như là khách sạn, resort. Nhưng mong là khi xây dựng sẽ không phá vỡ những cảnh quan tự nhiên hiện có của Lý Sơn”.

Đầu tháng 10/2014, huyện Lý Sơn đã được hòa chung điện lưới quốc gia. Đây là điều kiện thuận lợi để Lý Sơn phát triển các ngành nghề, trong đó có du lịch. Cơ hội cho Lý Sơn đã được mở ra, nhưng với cách làm du lịch như hiện tại thì khó có thể tạo được ấn tượng để thu hút khách đến với Lý Sơn. 

Bà Phạm Thị Hương, Phó Chủ tịch Ủy ban Nhân dân huyện Lý Sơn, cho biết: Dự án điện cáp ngầm đưa vào sử dụng là một cơ hội tốt để Lý Sơn phát triển cả về kinh tế, văn hóa, du lịch. 

Hiện tại đã có nhiều nhà nghỉ, khách sạn tiến hành xây dựng với quy mô lớn, hiện đại. Nếu không có gì thay đổi thì cuối tháng 11 này Nhà máy xử lý rác thải cho huyện đảo đi vào hoạt động, sẽ góp phần cải thiện môi trường. Bên cạnh đó chúng tôi cũng đẩy mạnh công tác tuyên truyền, giáo dục cho người dân để nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường, các hệ sinh thái và đa dạng sinh học phục vụ phát triển bền vững và du lịch sinh thái. 

Tuy nhiên, vấn đề đầu tư, quy hoạch các khu du lịch thì cần phải có các nhà đầu tư, các ngành chức năng cùng thực hiện. Đồng thời, Chính quyền cấp trên cũng cần quan tâm đầu tư để nâng cấp, mở rộng tuyến đường trung tâm huyện và Cảng Lý Sơn.

Huyện Lý Sơn đề ra mục tiêu đến năm 2025 trở thành một huyện đảo phát triển, trở thành trung tâm kinh tế biển , với hai ngành mũi nhọn là thủy sản và du lịch, sẽ là huyện đảo xanh, sạch, đẹp, một điểm du lịch, nghỉ dưỡng hấp dẫn của tỉnh Quảng Ngãi và vùng kinh tế trọng điểm miền Trung , trở thành huyện đảo phát triển nhanh về kinh tế-vững chắc về quốc phòng-an ninh trong tương lai. 

Nhưng, với cách đầu tư cho du lịch như lâu nay ở Lý Sơn thì cũng chỉ thu hút được lượng du khách khiêm tốn. Hạn chế rõ nhất là du khách đến đảo Lý Sơn một lần mà không trở lại. Vì vậy, việc triển khai khu bảo tồn biển Lý Sơn, đồng thời từng bước nghiên cứu, xây dựng Đề án phát triển du lịch biển đảo Lý Sơn là việc làm cấp bách.