Vào cuối thế kỷ 17, thiền sư Hưng Liên từ Trung Quốc sang Đại Việt, là người đầu tiên đưa phái Thiền Tào Động vào Đàng Trong, đã trụ trì và lập đạo tràng tại chùa Tam Thai.

Năm Minh Mạng thứ 6 (1825), nhà vua đã cho xây dựng lại chùa Tam Thai. Dưới triều Nguyễn, chùa Tam Thai được sắc chỉ là Quốc Tự.

Trải qua thời gian, diện mạo cảnh quan và kiến trúc xưa của chùa Tam Thai đã có nhiều thay đổi. Từ năm 1907 đến 1995, chùa đã trải qua nhiều lần trùng tu. Công trình kiến trúc hiện nay của chùa bao gồm nhiều hạng mục như: tam quan, sân chùa, Hành cung, chùa chính,...

* Tam quan: Được thiết kế theo kiểu lầu chuông lợp mái, trông rất cổ kính.

* Sân chùa: Đây là một khoảng sân khá rộng, ở chính giữa có thờ tượng Phật Di Lặc bằng sa thạch - vị Phật thứ năm trong hiền kiếp, hiện thân của ước nguyện thái bình; hai bên là Hành cung - nơi vua Minh Mạng trước đây thường nghỉ ngơi mỗi khi đến vãng cảnh chùa (hiện nay Hành cung chỉ còn cổng và bức tường gạch bao quanh).

* Chùa chính: Chùa được xây hoàn toàn bằng gạch, mặt quay về hướng nam với hai tầng mái lợp ngói lưu ly, nóc trang trí lưỡng long chầu nguyệt, các cột đều trang trí rồng - phụng.

Hai bên vách tiền đường có đặt hai bức phù điêu Tả Phù và Hữu Bật - hai vị thần canh giữ cửa chùa. Phần chánh điện bên trong có thờ Phật Di Lặc bằng đồng lớn ngồi trên tòa sen, hai bên thờ tượng Quan Thánh và Bồ Tát.

Ngoài các hạng mục công trình, tại đây người ta còn trồng xen nhiều cây xanh, càng tôn thêm vẻ thanh tịnh, mát mẻ cho ngôi chùa.

Hiện trong chùa còn lưu giữ tấm biển Tam Thai tự và tấm kim bài bằng đồng hình trái tim lửa khắc theo ngự bút của vua Minh Mạng kích thước khoảng 35x45cm.

Tấm biển Tam Thai tự có ý nghĩa: Ngự chế chùa Tam Thai, năm Minh Mạng thứ 6 phụng tạo.

Tấm kim bài bằng đồng với ý nghĩa ngợi ca Phật pháp vô lượng từ bi phổ độ chúng sinh.

Vòng ra sau lưng chùa Tam Thai, theo một con đường đất du khách sẽ gặp một cổng vôi cổ kính phía trên có khắc 3 chữ Hán 'Huyền Không Quan'. Đây chính là cửa vào động Hoa Nghiêm và động Huyền Không. Động Huyền Không là một hang lộ thiên nằm gọn trong lòng núi. Mái động hình vòm, nền động bằng phẳng, trần động có 5 lỗ lớn nhỏ có thể trông thấy bầu trời bên ngoài. Trong động không có măng đá và nhũ đá, tuy nhiên vách động có bọt đá tạo nên những hình thù kỳ thú.

Từ chân núi Thủy Sơn, du khách theo đường tam cấp phía tây để lên chùa Tam Thai. Khi đến khoảng giữa đường, gặp những trụ đá to, du khách đã đến cửa ngoài của chùa Tam Thai.

Đến chùa Tam Thai, ngoài việc tham quan, vãn cảnh chùa, du khách còn có thể vào tham quan tháp Phổ Giang, chùa Từ Tâm, vọng Giang Đài…

Vọng Giang Đài là điểm cao nhất ở ngọn núi Thủy Sơn. Đứng ở Vọng Giang Đài, du khách có thể phóng tầm mắt nhìn bao quát cả một vùng đồng ruộng bao la bát ngát của xứ Quảng Đà, với những con sông Cổ Cò, sông Hàn, sông Cẩm Lệ quanh co tựa như một bức tranh thủy mặc sống động.

Thật đúng như cảm nhận của vị Đại sư Thích Đại Sán đến từ Trung Quốc, vị khách của Chúa Nguyễn Phúc Chu (1691-1725), đã viếng thăm Ngũ Hành Sơn vào năm 1695 và đã có một bài trường ca với tựa đề "Chơi núi Tam Thai", trong đó có hai câu:

Đỉnh non buông mắt xa trông Nước trời man mác hồng mông một vùng”

                         
                                                                                                           Thanh Hải biên tập